无论是建筑规模还是在佛教界的地位，潭柘寺的历史在京郊寺院中，均是屈指可数的。在封建制国家中，等级森严，建筑物所用的琉璃瓦的颜色也是有严格要求和规定的。

金黄色的琉璃瓦只有皇家才有资格使用，而潭柘寺的建筑物是经最高统治者批准，可以用黄色琉璃瓦装饰的为数不多的寺院之一。

潭柘寺历经上千年，历代皇帝对寺院均有敕封。

由寺院的名称，寺院内树木的命名，赐予寺院的经书，赋予寺院住持的种种特殊的权利，尤其是寺院建设上的大量财力物力均来自皇宫。

(自金代以后，历代皇帝均由国库中拨出大量银两修缮潭柘寺)这些足以说明潭拓寺在历代宫廷中的政治地位和在皇家的特殊位置。

潭柘寺还是北京地区最神秘的寺院之一，其神秘之处举不胜举。

在历史上，对潭柘寺的知名度很有影响的神秘之处，可以说，是潭柘寺的四件宝贝。

哪四件宝贝?这一是被称为潭柘寺的开山祖师---华严禅师的画像；二是原三圣殿西供奉的药师佛像；三是大雄宝殿里的两根“自油柱”；四是龙王殿檐下挂着的石鱼。

画像、石鱼、和自油柱已经有不少的传说流行于市，这里就不赘述了，而对药师佛像人们为什么那么崇拜呢?

据说，当年，这尊石佛被称为苦佛，苦佛佛法无边。

因为石佛的须弥座下横生着一棵黄连树，黄连树的枝叶随便哪一部分皆可入药，且药到病除。故此，不少人对石佛顶礼膜拜。